تم تأسيس الكلية كشعبة تتبع ما كان يعرف بكلية العلوم الطبية ، والتي تضم : 1 – شعبة الطب البشري 2 – شعبة طب وجراحة الفم والأسنان 3 – شعبة الصيدلة 4 – شعبة التقنية الطبية وكان هذا النظام متبع خلال العام 2000 – 2001 م واستمر هذا الوضع حتى صدور قرار وزارة التعليم ( أمانة التعليم سابقا ) رقم ( 2 ) لسنة 2005 م الذي كان فحواه توزيع هذه الشعب إلى كليات مستقلة تكون تبعيتها إلى إدارة الجامعة مباشرة وهكذا أصبحت كلية طب الأسنان مستقلة إداريا وعلميا .